LAMMPS
オープンソースの汎用古典分子動力学アプリケーション。ソフトマター、固体、メソスコピック系などの多くの系で動力学計算を行うことができる。原子の動力学計算や一般的な粒子のシミュレーターとしても利用可能で、空間分割を用いた並行計算にも対応する。GPLライセンスを採用し、コードは変更や拡張が容易となるようにデザインされている。
参考文献
Official home Page: http://lammps.sandia.gov/
Official Document: http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html
LAMMPS on MateriApps: https://ma.issp.u-tokyo.ac.jp/app/596
提供バージョン (2023-05-22)
LAMMPS 本体
20220623_update4
物性研スパコンでの利用方法
以下、 $MA_ROOT は次のディレクトリに置き換えてください。
System B: /home/issp/materiapps/oneapi_compiler_classic-2023.0.0--openmpi-4.1.5
System C: /home/issp/materiapps/PrgEnv-intel_8.3.3
環境設定
LAMMPS は
$MA_ROOT/intel/lammps/以下にバージョンごとにインストールしてあります。
$ source $MA_ROOT/lammps/lammpsvars.shとして設定ファイルを読み込むと、最新のインストール済みバージョンのディレクトリが環境変数 LAMMPS_ROOT に設定され、 実行バイナリのあるディレクトリ
$LAMMPS_ROOT/bin がPATH に追加され、
必要なライブラリの場所が LD_LIBRARY_PATH に追加されます。 告知なくバージョンが更新されることがあります。
バージョンを固定したい場合は、それぞれのバージョン名のついた設定ファイルをsourceしてください。
実行バイナリ
実行バイナリ名は lammps です。
実行にはたとえ1プロセスであっても srun (ohtaka) および mpiexec (kugui) が必要となります。
サンプルスクリプトと入力ファイルの場所
$LAMMPS_ROOT/share/lammps/examplesにLAMMPS公式のサンプル集があります。ご自身のディレクトリにコピーしてお使いください。
$ cp -r $LAMMPS_ROOT/share/lammps/examples .ジョブの実行方法
$MA_ROOT/lammps/sample_jobscript/にスクリプトのサンプル lammps.sh が用意されているので、カレントフォルダにコピーします。 lammps.sh で実行部分に記載されている入力ファイル名
in.param
を適切なものに変更した上でジョブを投入します。
$ cp $MA_ROOT/lammps/sample_jobscript/lammps.sh .
# System B
$ sbatch lammps.sh
# System C
$ qsub lammps.sh