OpenMX (Open source package for Material eXplorer)

OpenMX (Open source package for Material eXplorer)

OpenMX(Open source package for Material eXplorer)は密度汎関数理論(DFT)、ノルム保存型擬ポテンシャルおよび擬原子基底関数を用いて、原子レベルから物質の第一原理シミュレーションを実行するためのソフトウェア・パッケージです。

ホームページ

公式ページ: http://www.openmx-square.org/
MateriApps: https://ma.issp.u-tokyo.ac.jp/app/594

マニュアル

バージョン3.9

バージョン3.8

 

インストール済みバージョン (2021-09-24)

3.9.7, 3.9.2, 3.9.0

3.8.4, 3.8.0

 

物性研スパコン(システムB)での利用方法

OpenMXのバイナリ

/home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.7-1/bin/openmx

VPSとPAO(擬ポテンシャルと基底)のインストール場所

/home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.7-1/DFT_DATA19/

システムB上でこの擬ポテンシャルと基底を使う場合には, OpenMXの入力ファイルに以下のキーワードを加えてください.

data.path /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.7-1/DFT_DATA19/

下記のサンプル入力ファイルにはこのキーワードが加えられています.

 

サンプルスクリプトと入力ファイルの場所

/home/issp/materiapps/intel/openmx/sample_script/openmx.sh

/home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.7-1/work/

実行例

サンプルスクリプトと入力ファイル(上記ディレクトリの中から好きな*.datファイルをお選びください)の準備

$ cp /home/issp/materiapps/intel/openmx/sample_jobscript/openmx.sh .

$ cp /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.7-1/work/Methane.dat .

Methane.datに以下をファイルの行末に付け加えます。

data.path /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.7-1/DFT_DATA19/

ジョブのサブミット

openmx.shの最後の行にあるinput.datをMethane.datに変えた後、以下のコマンドを実行します。

$ sbatch openmx.sh

計算が終了すると、各種ファイルが出力されます(Methane.dat.outなど)。

コンパイル時に用いられたオプション等は下記のファイルを参照してください.

/home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.7-1.log