SALMON
時間依存密度汎関数理論に基づく実時間・実空間グリッド法を用いた、光励起電子ダイナミクスシミュレータ。線形光応答、パルス光による非線形光応答を、孤立系、周期系、界面・表面等、様々な物質系において計算ができる。数千原子からなる超並列大規模計算や電子・電磁場結合ダイナミクスのマルチスケールシミュレーションの計算も可能。
参考文献
Official home Page: https://salmon-tddft.jp/jp/index.html
Official Document: https://salmon-tddft.jp/jp/documents.html
LAMMPS on MateriApps: https://ma.issp.u-tokyo.ac.jp/app/321
提供バージョン (2024-04-25)
SALMON 本体
v2.2.0
物性研スパコンでの利用方法
以下、 $MA_ROOT は次のディレクトリに置き換えてください。
System B: /home/issp/materiapps/oneapi_compiler_classic-2023.0.0--openmpi-4.1.5
System C: /home/issp/materiapps/PrgEnv-intel_8.3.3
環境設定
SALMON は
$MA_ROOT/salmon/以下にバージョンごとにインストールしてあります。
$ source $MA_ROOT/salmon/salmonvars.shとして設定ファイルを読み込むと、最新のインストール済みバージョンのディレクトリが環境変数 SALMON_ROOT に設定され、 実行バイナリのあるディレクトリ $SALMON_ROOT/bin がPATH に追加されます。 告知なくバージョンが更新されることがあります。 バージョンを固定したい場合は、それぞれのバージョン名のついた設定ファイルをsourceしてください。
実行バイナリ
実行バイナリ名は salmon です。 実行にはたとえ1プロセスであっても srun (ohtaka) および mpiexec (kugui) が必要となります。
サンプルスクリプトと入力ファイルの場所
$SALMON_ROOT/samplesにSALMON公式のサンプル集があります。ご自身のディレクトリにコピーしてお使いください。
$ cp -r $SALMON_ROOT/samples .ジョブの実行方法
$MA_ROOT/salmon/sample_jobscript/にスクリプトのサンプル salmon.sh が用意されているので、カレントフォルダにコピーします。 salmon.sh で実行部分に記載されている入力ファイル名 C2H2_gs.inp を適切なものに変更した上でジョブを投入します。
$ cp $MA_ROOT/salmon/sample_jobscript/salmon.sh .
# System B
$ sbatch salmon.sh
# System C
$ qsub salmon.sh